ভেনাস ভার্সাস ভাইরাস সুমির তাকানা এবং লুশিয়া নাহশী নামে কচি মেয়েদের জীবন ঘুরে বেড়ায়, যিনি সুমিরের চরিত্রে রহস্যজনকভাবে লুসিয়ার গোপনীয়তা ভেনাস ভানগার্ডে আবিষ্কার করেছিলেন, লুশিয়ার দত্তক পিতা নাহশির নেতৃত্বে “ভাইরাস” নামক দানবকে শিকার করে এমন একটি দল। এখন, ভেনাস ভ্যানগার্ড ব্রোশিওর খুঁজে পাওয়া লোকদের কাছ থেকে চাকরি গ্রহণ করার সময়, তারা তাদের সত্যিকারের শিকড় এবং উদ্দেশ্যগুলি অনুসন্ধান করার জন্য "ভাইরাস" এর বিরুদ্ধে লড়াই করেছিলেন এবং তার জন্য লুসিয়া আবিষ্কার করেছেন যে সুমির তার চেয়ে অনেক বেশি কার্যকর হতে পারে।
