ত্রিশার যখন মহামারীটি মারা গিয়েছিল, তখন ভাইরা তাকে পুনরুত্থিত করার প্রয়াসে মানব সংক্রমণে নিষিদ্ধ আলকেমিক কৌশল প্রয়োগ করে। ফলস্বরূপ, ট্রান্সমুটেশন ব্যাকফায়ার এবং সমান বিনিময় সহ আইনত, বাম পা এবং আলফোনের পুরো শরীর এডওয়ার্ড নষ্ট হয়ে যায়। অ্যাডওয়ার্ড আলফোনসের আত্মাকে বাঁচাতে তার ডান বাহুটি হারিয়ে ফেলেন এবং এটি একটি রক্ত সীলকে বর্মের স্যুট হিসাবে বাঁধেন। রায় মুস্তং এডওয়ার্ডকে আলফোনসের মৃতদেহ স্টেট অ্যালকেমিস্ট দ্বারা গবেষণার জন্য পুনরুদ্ধার করার একটি পদ্ধতিতে পরিণত হওয়ার আমন্ত্রণ জানিয়েছিলেন। অ্যাডওয়ার্ড জয়জয়কার, তাঁর কৃত্রিম পোস্ট অঙ্গ অনুসারে নাম হয়ে উঠল ফুলমেটাল অ্যালকেমিস্ট।
তিন বছর পরে, এলিক্স তাদের লক্ষ্যগুলি অনুধাবন করার জন্য কিংবদন্তি দার্শনিকের প্রস্তর অনুসন্ধান করেছিলেন। মার্কো তাঁর নোটগুলি তাদের কাছে সন্ধানের জন্য প্রেরণ করেন, তবে তারা পাথরটিকে সত্যই মানবত্যাগ হিসাবে তৈরি করার জন্য প্রয়োজনীয় উপাদানটি শিখেন। মস্তংয়ের বন্ধু, মেস হিউজেস তাদের গবেষণা চালিয়ে যায়, তবে হোমুনকুলির কৌশলগুলি আবিষ্কার করার জন্য ছদ্মবেশিত Enর্ষার সাথে গুলি করে হত্যা করা হয়।
ইজুমির সাথে দেখা হয়ে এলিক্স শিখলেন যে তাঁর অনাগত সন্তানের উপর মানব ট্রান্সমিটেশন ঘটানো হয়েছিল। দুর্বৃত্ত হুমুনকুলাস লোভ আলফোনসকে ধরে ফেলেন, তবে আমেস্ট্রিসের প্রেসিডেন্ট কিং ব্র্যাডলি তাকে সংরক্ষণ করেছিলেন, তাকে হোমঙ্কুলাস রাথের চরিত্রে দেখানো হয়েছিল। লোভকে এভাবে গলে ফেলা হয় এবং হোমঙ্কুলির প্রবর্তক ফাদারের ভিতরে পুনর্বার হয়ে যায়। উইনরি এবং অ্যালারিকস হিউজের সাথে যেতে কিন্তু সেন্ট্রাল সিটিতে ফিরে আসেন তবে তার পাসের বিষয়টি শিখুন। লেফটেন্যান্ট মারিয়া রসকে হিউজের হত্যার জন্য দোষী সাব্যস্ত করা হয়েছিল, তবে স্পষ্টতই মুস্তং তাকে হত্যা করেছিলেন। তবুও, এডওয়ার্ড শিখলেন রসের প্রস্থান মঞ্চে হয়েছিল যাতে মুস্তং তাকে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র থেকে জিংগে পাচার করতে পারেন, জিংজি রাজপুত্র লিং ইয়াওর সহায়তায়। হোহেনহাইম এডওয়ার্ডের সাথে পুনরায় মিলিত হয়েছিলেন তবে আবাসে দীর্ঘ অনুপস্থিতির জন্য তাকে তুচ্ছ করে।
আখ্যানটি অগ্রগতির সাথে সাথে হোমুনকুলির নায়করা বারবার মুখোমুখি হন। মুস্তং কামকে হত্যা করে; মুস্তাং এবং লিংগ পেটুকুকে ধরে ফেলল, তবে তিনি হিংসাকে তার শূন্যতায় গ্রাস করলেন এবং অ্যাডওয়ার্ড, লিংক-জাতীয় পেটে। গ্লুটনি আলফোনকে বাবার সাথে দেখা করতে নিয়ে যায়, তবে লিং ডানদিকে পরিণত হয় হমুনকুলাসে, বিশেষত লোভের নতুন অবতার, যখন অন্যরা পেটুকের পেট থেকে পালিয়ে যায়। এরিক্স তাদের অনুসরণ চালিয়ে যাওয়ার জন্য মুক্তি পেয়েছে তবে শর্ত থাকে যে বাবা তাদের দ্বারা বিরোধিতা করবেন না।
ব্রিগসের নীচে একটি ভূগর্ভস্থ সুড়ঙ্গ সন্ধান করে জেনারেল অলিভিয়ার আর্মস্ট্রং ফাদার এবং এল্রিক্স একটি জাতীয় ট্রান্সমুয়েশন গ্রুপ তৈরি করে চলেছেন এবং তার নাগরিকদের যাতে তিনি godশ্বরত্বে আরোহণ করতে সক্ষম হন তা দিতে চান। লোভ বাবার সাথে বিশ্বাসঘাতকতা করে এবং তার আগের স্মৃতির স্মৃতি পুনরুদ্ধার করে, পরে এক সাথে মিলিত হয়ে কিম্বলি হোহেনহিমের চিমেরা মিনিস অ্যাডওয়ার্ডকে। হোহেনহাইম তাঁর পুত্রদের কাছে স্বতন্ত্রভাবে প্রকাশ করেছিলেন যে তিনি মরণশীল নন, তিনি চারশত বছর আগে ফাদারের দ্বারা জীবিত দার্শনিকের প্রস্তর হিসাবে ডান হয়েছিলেন।
প্রতিশ্রুতি দিবসটি উপস্থিত হয়েছে এবং পিতা একটি গ্রহণগ্রহণ এবং তাঁর যজ্ঞকে যে তাঁর আত্মত্যাগ হিসাবে অপরিহার্য বলে মানব রূপান্তর করার চেষ্টা করেছিলেন তার কৌশল শুরু করার প্রস্তুতি নিল। সমস্ত হোমকুলির মেয়াদ শেষ হওয়ার সাথে সাথে বিভিন্ন চরিত্র বাবার মাইনসের সাথে বিরোধ করে। বাধ্য হয়ে মুস্তাংয়ের পাশাপাশি অ্যাল্রিক্স, ইজুমি, হোহেনহাইম সংগ্রহ করা হয় কারণ বাবা জাতীয় ট্রান্সমিশনকে সক্রিয় করার কারণ হিসাবে ড। তবুও, স্কার এবং হোহেনহিম আমেরিকানদের প্রতিরোধের দ্বারা সংরক্ষণ করার জন্য সক্রিয় করে। লোভ ফাদার দ্বারা নষ্ট হয়ে যায়, যদিও বাবা মাটির উপরের মুখোমুখি হন যেখানে নায়করা তাঁর দার্শনিক প্রস্তর নষ্ট করার জন্য লড়াই করেন।
আলফোনস, যার বর্মটি সবই পিতার বিরুদ্ধে শেষ বিরোধের মধ্য দিয়ে ধ্বংস হয়ে গেছে, ডান হাতটি ফিরে পেতে তাঁর আত্মা দেয়, যিনি ফাদার স্টোনকে ধ্বংস করেছিলেন এবং এডওয়ার্ড অফ ট্রুথের সত্যের গেটে তাকে আবার পাঠিয়েছিলেন। এডওয়ার্ড আত্মা এবং আলফোনসের শরীর পুনরুদ্ধার করার জন্য আলকেমি করার ক্ষমতা হারিয়ে ফেলেন। হোহেনহাইম সেই সমাধিটি দেখেন যেখানে ত্রিশার কাতর হয়ে তিনি মারা যান।
